主角（大门大）的父亲（大门英）参加数码世界探险队一去不回
主角在现实世界遇到了亚古兽，并加入了数码拯救队。在队里认识了另外几个队友。任务是把跑到现实世界的数码兽打成蛋再送回去。随着故事的发展，个别人类的阴谋逐渐暴露出来，但当主角阻止了这个阴谋后，数码世界和现实世界之间的间隔层已经崩溃了。两个世界即将相互碰撞，毁灭。数码兽接到数码世界神“世界树”的命令要毁灭人类世界。最后主角和世界树战斗，并打败了他，修复了间隔，拯救了两个世界。主角的父亲也回来了
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