在近代论及回鹘式蒙古文的著述中开列的回鹘式蒙古文字母表，都是根据对回鹘式蒙古文文献的分析拟订出来的。一般认为有19个字母。其中，表示元音的5个,表示辅音的14个。大部分字母有词首,词中、词末3种变体。个别字母不出现在词首，只有词中、词末两种变体。元音字母和辅音字母在笔划上结合得很紧，多数情况是连在一起的。拼写一般以词为单位，但是，有时一个词也可以分作两段书写。字序从上到下，行序从左到右。标点符号有单点（相当于逗号）、双点（相当于句号）、四点（用于段落末尾）3种。回鹘式蒙古文到17世纪时发展成为两支。一支是通行于蒙古族大部分地区的现行蒙古文。一支是只在卫拉特方言区使用的托忒文。
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