先回答你第一个问题。按照督促程序、公示催告程序、企业法人破产还债程序审理的这些特别程序案件不适用再审是因为它们都是直接解决程序问题，如果判决有错误，当事人可以通过普通的民事诉讼来解决就可以了。依照审判监督程序审理后维持原判的案件，当事人不得申请再审，是因为要严格限制再审节省诉讼资源，但同时又不是绝对禁止这类再审，否则有些错案的不到纠正。在符合一定条件下还可以再审，因此就有了：“但再审申请人或申诉人提出新的理由，且符合《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百零四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十九条、《中华人民共和国行政诉讼法》第六十二条及本规定第七、八、九条规定条件的，以及刑事案件的原审被告人可能被宣告无罪的除外。”总的来说两个规定不冲突，不是新旧法冲突如何适用的问题。
然后是第二个问题。如果一审法院审理一审案件，那么此案件是一审终审案件，判决直接生效。如果判决错误不能上诉，但可以再审。
梁伟律师，qq：289284216
新法优于旧法，符合新规条件可以申请再审。第二个情形很难发生，不过一般是最高法院审理
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