土地违法案件处理程序，是指国土资源管理部门处理土地违法案件时应当严格遵守的方式、步骤和过程的总和。
土地违法案件处理的程序分为简易程序和一般程序。
简易程序是针对某些轻微违法和给予的行政处罚比较轻微的行政案件。简易程序的适用范围仅限于《中华人民共和国行政处罚法》第33条规定的“违法事实确凿并有法定依据，对公民处以50元以下，对法人或其他组织处以1000元以下罚款或者警告的行政处罚可以当场作出行政处罚决定”的案件。适用简易程序的要件有：①耕地被破坏，按照《中华人民共和国土地管理法》第47条规定，责令限期改正或者治理的；②不履行复垦义务，责令限期改正的；③使用非法批准的土地，责令归还的；④不依法办理土地变更登记，责令限期办理的。
一般程序也称普通程序，是指国土资源管理部门处理土地违法案件的常用程序。其程序为受理、立案、调查、处理、送达、执行、结案。
根据《土地管理法》和《土地违法案件查处办法》的规定，土地违法案件处理程序为受理、立案、调查、告知、处理、送达、执行、结案。
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