“国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知 （国税函〔2009〕221号）”：
关于二级分支机构的判定问题
二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。
总机构应及时将其所属二级分支机构名单报送总机构所在地主管税务机关，并向其所属二级分支机构及时出具有效证明（支持证明的材料包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等）。
二级分支机构在办理税务登记时应向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照（复印件）和由总机构出具的二级分支机构的有效证明。其所在地主管税务机关应对二级分支机构进行审核鉴定，督促其及时预缴企业所得税。
以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）的相关规定。
根据通知内容和你的描述，我认为你单位部应该作为二级分支，而是作为独立的企业所得税纳税人进行申报纳税。
依据“1.“国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知 （国税函〔2009〕221号）。2.国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》的通知 （国税发〔2008〕28号）。3.国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知 （国税函〔2008〕747号）”三文件：
1.确定你公司是否属于跨省分支机构，须由总公司提供有效证明。总机构应及时将其所属二级分支机构名单报送总机构所在地主管税务机关，并向其所属二级分支机构及时出具有效证明（支持证明的材料包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等）。二级分支机构在办理税务登记时应向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照（复印件）和由总机构出具的二级分支机构的有效证明。
2.分配表问题。总机构应在每年6月20日前，将依照本办法第二十三条规定方法计算确定的各分支机构当年应分摊税款的比例，填入《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》（见《国家税务总局关于印发〈中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表〉等报表的通知》（国税函[2008]44号）附件4，该附件填报说明第二条第10项"各分支机构分配比例"的计算公式依照本办法第二十三条的规定执行），报送总机构所在地主管税务机关，同时下发各分支机构。
开据总分机构企业所得税分配表申请
国税X所：
我公司于2010年4月20日设立XX分公司，按照国税发[2008]28号文国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》的要求，现执行此办法，特此申请开据所得税总分支机构企业所得税分配表，望贵处予以办理。
特此申请
北京XX公司
年月日
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