你说的是增值税专用发票吗？联次齐全吗？如果是专票，专票在你公司抄报税的时候应该在税务系统中留下有比对信息，不可能查不到，除非是你们公司开完之后作废了，没有报税，如果联次齐全，说明是作废票，开票子系统里应该有作废记录。
如果不是专票，而是普通发票的话，企业没有做帐，说明是张虚开发票，应该开虚开发票论处。
如果不是发票，是税票，那应该是你们公司的完税证明，在税务系统里应该查的到税票的出处，以及税款种类：正税、代开发票预缴税款、自查补税等等。
如果不是完税证，那有可能是税收缴款书，应该是企业自行到银行转帐缴税的凭证，如果上面没有银行的印鉴说明你们单位确实有欠税，没有通过银行划帐缴款。
具体情况还需见到原始凭证才能定性，希望对你有所帮助
既然确认你单位确认无那份发票，就别担心了！国税局系统要公司补税，得有证据啊！不是有一个“谁起诉，谁举证”的说法吗！假如国税局在没有确凿证据的前提下，要你公司补税，可到检察院系统告他的去。在你单位确实没有违反税法的前提下，一句老话：心里没有鬼，哪怕鬼敲门！这话不好听啊，假如有税务方面的老师看到时，别骂我！
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