DNA与蛋白质结合就像把线绕在纺锤上一样，形成一定的拓扑结构。防止打结，节省空间。
原核细胞的基因组比较小，大概没有把DNA卷起来的必要。因此就呈大型的环状DNA分子。
这个其实很简单，就比如说你有大一团线团，用的时候可能用某一段，那么一般人的想法就是把线缠绕在线轴上，这样可以有效地提高DNA复制效率，而且还可以防止打结，这在生物进化上是比较进化的一类。
原核细胞只有大型环状DNA链，没有独立分明的染色体
至于前一个问题，染色体就是由DNA的蛋白质组成的。至于为什么DNA要和蛋白质结合，就像为什么你妈妈会生你一样。。。。。。
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