我想硕士毕业后再继续攻读博士学位，因为是土木工程专业的，希望是清华大学，或者是同济大学。

作为同济土木的学生，对于您的选择我不便给予直接的答复。就个人的想法提供一些简单的建议：
就大学而言必然是清华好，毕竟是国内最优秀的大学，试想下，谁曾没有过清华梦，所以您的心情我完全是可以理解的；但是就专业而言，同济土木工程不论是师资（含院士）还是科研实力都较清华强，毕竟土木在同济是支柱性专业之一，没有了土木同济也就不再是同济了，所以如果是想搞学术，我觉得同济也未常不是一个很不错的选择。
其实，我觉得出国也是一个很不错的选择，其实同济的土木博士生有很多都会选择出国交流一年或者是联合培养，取得大学也都是在国外具有相当知名度的，比如曼切斯特大学，悉尼大学，东京大学等。抱歉对清华的不是很了解。
我觉得不管你选择清华、出国还是同济都挺好的。最优的选择不一定是最合适的。就本人目前的人生体会来说，很多时候不存在最优或不是最优 的问题（这可能是理工科长期思维方式的缘故），选择一个适合自己的道路然后坚定不移的走下去并且踏踏实实的把它做好往往更加重要！
真心希望你能做出自己的选择，follow your heart!
适逢清华大学百年校庆，祝福清华!

看个人追求，有条件的话，去国外混混，同济的土木的师资和教学条件算是全国一流啦，因为是同济的招牌专业之一，这个是清华望尘莫及的（清华的毕业生讲的）。
清华的招牌一流的，但是土木不是其重点发展专业，所以师资投入上不及同济。国家对同济的拨款是很少的，但是同济老师的项目都多的做不完，所以同济非常富有。
同济现在的土木学院叫做光华土木工程学院。据我所知，清华很多学生来同济上学，好像很少见同济的学生去清华的吧？
话说回来，比较是没有意义的，无论在国外还是国内，无论在同济还是清华，关键靠个人的努力，清华和同济的老师绝大部分也都是国产的，呵呵。

博士去国外3-6年，清华土木工程博士3-6年，清华博士毕业了在地方上混还可以吧？不过要看个人理想和追求了，不管在哪里读，开心就好。清华土木工程博士比同济土木工程博士好。

博士去国外，清华博士很差劲，清华本科培养算是一流吧，研究生以上不用读了。