日本卡通《超时空要塞 》 ！！
国内翻译后叫《太空堡垒》
http://baike.baidu.com/view/4697.htm
外星人大飞船是绿色的长长的，地球人的飞船是可 变型的超级堡垒。
外星人战斗机是 像个眼球一样的，地球人则是可 3段 变型 的骷髅标记战斗机。
明美 和 一条辉 的爱情故事
作者：美树本晴彦
另一个可能是 《银河英雄传说》 杨威利&莱因哈特 之间的长篇爱情、战争故事，宏伟的剧情吸引人深陷其中不能自拔，不过里面并没有外星人的说法，都是人类，但是飞船也有 绿色的长长的 作者 ：田中芳树
http://baike.baidu.com/view/331381.htm
我现在能想到的就只有EVA或机器人大战或高达也许是手冢治虫老师的也不一定…。
我知道你说的那个动画，名字我也忘了。部队是开各种战车和外星人对战
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