主要有：河流、湖泊、海洋等水体的水文、地形等条件；水中微生物的种类和数量；水温和复氧(大气中的氧溶于水体中)状况；水化学条件，以及污染物的性质和浓度。水体自净过程有沉淀、稀释、混合等物理过程，氧化还原、分解化合、吸附凝聚等化学(也包括物理)过程及生物化学过程。各种过程同时发生，相互影响并相互交织进行。一般情况下水体净化以物理和生物化学过程为主。
