阿赖耶识是以大脑为依托吗?如果不是,那人死了之后阿赖耶识还存在吗?

1首先澄清，阿赖耶识不是物质，所以没有位置。比如能说你的智慧在哪里吗？能说你的欲望长在哪里吗？
2前五识是有物质根的，可以说五根是五识的依托。但是唯识里，难陀论师一派认为，根是假法，并不是真有五根存在，而是第八识有生出五识的功能（五识的亲因缘种子）。但是汉传唯识正义认为五识是以五根（一种凡夫看不见的物质，净色）为增上缘产生的。 但是结合第一点，仍旧不能说有位置。
3不严格的来说，佛教也承认非物质的东西有位置，就随其所依的身体。比如说如来智慧功德周遍十方，因为佛身广大周遍十方。
4阿赖耶识也可以说执持有情的身体，这样，依照3，也可以说在身体内。那么主要执持哪一部分呢？见下文：

瑜伽一卷十九页云：此羯罗蓝中，有诸根大种，唯与身根及根所依处大种俱生。卽由此身根俱生诸根大种力故；眼等诸根，次第当生。又由此身根俱生根所依处大种力故；诸根依处，次第当生。由彼诸根及所依处，具足生故；名得圆满，依止成就。又此羯罗蓝色，与心心法，安危共同，故名依托。由心心法依托力故；色不烂坏。色损益故；彼亦损益。是故说彼安危共同。又此羯罗蓝识最初托处，卽名肉心。如是识于此处最初托，卽从此处最后舍。

唯识宗是为了解释人死后，业报如何相续，或者无心位业报如何相续的问题说阿赖耶识的。比如经部说人的业在心中，但是一般的心，在灭尽定，无想定是不存在的。所以必须安立第八识。
关于第八识成立的理由可以参考 释上恒 法师的论文。http://www.bskk.com/thread-205518-1-1.html

不知道，只知道和大脑本质上没有半毛钱的关系。这个是由印度传统哲学逐渐演变来的概念，一开始只有末那那样的概念，原始佛教记载释迦有提过。到了后来偏瑜伽的佛教那个派别提倡唯识论，才深化到了具体的阿赖耶识。主要是由无著和世亲开创的。
阿赖耶识是印度那种离不开宗教哲学的产物，不能拿西方用思维把握存在的方式去对待，更不能拿唯物主义的观念去理解。按佛教的说法，由于广义哲学语言的障碍，或者你简单理解成宗教体验本身，很多东西是不能去言说的；不要见了什么就非给对应个物质的载体。这个东西只有到了至少见道位才能觉知的，你我都是凡人，我也不知道是什么。也可能就是他所说的轮回过程起载体功能的一个作用，安了个名字而已。

1，不是。2，未必存在。