我2010年7月毕业，2月低准备辞职，单位一直就只签订了三方协议，没有签正式的合同，不知道有些什么程序

其实作为过来人我想对你说，这样不不划算啊！你做好能在这个公司做个一两年，这样一年时间之后你可以办理转正定级（很重要）。那时候你再辞职，不然你现在到一家新单位之后还要过一年才能办理转正定级，而且你还不属于应届毕业生，还不知道好不好办呢。
保险尤其是养老最好不要退，医保现在全国不联网退就退了吧，其他的也可以退。只要单位开具解除劳动合同的证明就可以了。到时候单位会给你证明材料你去相关的部门拿钱。档案可以放在当地的人才中心，因为现在也不收费。户口离职之后单位就不再给你缴纳管理费，所以不转回家就要自己拿钱缴纳管理费。档案只有在本地找到工作签订合同之后。当地的人才中心才可以发调档函到你原单位所在城市人才中心调档，档案是不能经个人手走的。就算拿在手里也不要拆开，被拆开了之后可能人才中心就不在收了。所以一般都是人才中心通过邮寄或者什么其他办法转移到另一个人才中心的。

按照法律规定，劳动合同履行期内，劳动者辞职的需要提前三十天书面通知用人单位即可。如果单位对员工进行了专项技能培训并约定了服务期的，则提前离职则按照未履行的年限这算后赔偿培训费。
如果单位代管档案和户口等，可能需要办理转移手续。

首先解决你违约金的问题，重要是刚毕业的应届大学生，而且签订了学校的三方协议，就具有了国家法律效力。和合同没有冲突，也就是说不签合同也行。档案在你办理了离职手续后自动会给你，但是如果是你不辞而别的话，那估计中间的手续会麻烦点。工资不会扣你的，没有扣得道理，你的担心太多余了！