公司有文件但没按文件作业，公司没文件，但作业了，这均属于ISO9001：2008条款那部分？

有文件但是没有按照文件做，这个要看具体是什么文件，在标准的哪个部分出现的不符合就开哪个条款的不符合项，比如采购管理程序写了要对供应商进行现场审核，但是没有执行，就开标准条文7.4.1的不符合项。
有执行但是没有文件，除非是标准强制要求的6个程序，否则不算是不符合项。6个程序分别是（文件控制，记录控制，内审控制，不合格品控制，纠正措施控制，预防措施控制），没有写这些程序算不符合，其他又执行但是没有文件，是符合标准条文的要求的。

第一问：有文件没执行要看具体是什么事情，按照就近判标的原则，来具体对待，你需要将具体情景描述后才能正确判断。
第二问：这不能说是个不合格，文件的详略程度与企业的规模、产品的复杂程度、人员的素质等有关，如果你们虽没有文件规定，操作人员完全可以正常操作，也没有出现过不合格，这就不需要再去编写文件了。但若是这个岗位没有作业文件就可能导致出现不合格时，必须制定作业文件，一般特殊工序、关键工序都要求有。没有就判不符合7.5.1b)

有文件，没按文件做是7.5.1。 生产和服务提供的控制“组织应策划并在受控条件下进行生产和服务提供”
没文件作业是7.1 C条款。

7.5.1 生产和服务提供的控制
组织应策划并在受控条件下进行生产和服务提供。适用时，受控条件应包括：
a) 获得表述产品特性的信息；
b) 必要时，获得作业指导书；
c) 使用适宜的设备；
d) 获得和使用监视和测量设备；
e) 实施监视和测量；
f) 产品放行、交付和交付后活动的实施。