明代内阁是皇帝的侍从机构，无决策权，直接听命于皇帝；
清内阁徒有虚名，变成只是传达谕旨、公布文告的机构.
明代是真实的内阁制度，甚至在皇帝十多二十年不愿上朝的情况下，政权仍在继续运转。
清代（雍正建军机处以前）是虚假的内阁制，皇权膨胀到了无以复加的地步，大小政事都需皇帝最终才能拍板决策，内阁（上书房）只是给皇帝提供咨询和写命令的秘书机构，全无政治决策的一点点权力。到了军机处时代，军机处成为皇帝直接向中枢各部院与省、府等行政机构传递皇帝命令并复杂上传下达的一个机构，没有任何决策权，只是再次加强了皇权，仅此而已。
共同点：明清的内阁都是内视机构，不是国家的法定的行政或执行机构，其票红是否被采纳完全取决于皇帝，其升降也完全取决于皇帝的喜好。
不同点：
明：内阁的权力较大，尤其是到明神宗（万历）时内阁首辅张居正权倾朝野，一人之下，万人之上，权力非常大
清：权力较小，清初，内阁与议政王大臣会议等一起议事，不过议政王大臣会议权力较大，到康熙设南书房，其内阁及议政王大臣会议权力削弱，尤其是到雍正时设立军机处，其君主专制达到顶峰
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