在平面培养基上初分离出的菌种，经选择后再进行纯化培养以得到质量优良的纯菌种，称作纯化（也叫提纯）。由于受分离方法、培养基质及菌株自身生活力、生长势、发育程度等因素的影响，往往不同菌株的生态特性、品质优劣上有一些变异，因而需要再次纯化培养。菌种的纯化工作同样需在无菌条件下进行，当平面培养基上接种点处刚产生白色菌丝时，立即用接种针选择其中生长势旺盛部分，截取小块，尽量少带培养基，移入PDA斜面培养基试管中央，置25℃恒温了培养，经几次提纯转接，菌种无杂，生长正常，即为纯化的母种。
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