如果你指的是招标文件与备案合同不一致的情况，根据《招标投标法》第四十六条规定，在依据招标投标文件订立合同（一般此合同为本案合同）后，不得再行订立违背合同的其他协议。此时合同才是双方的真实意思表示，应当以合同为准。
招标文件作为要约邀请其并不是合同的构成部分。在《招标投标法》第三十九（记不清）规定的是投标文件应当对招标文件的实质性内容作出响应。因此最后对双方均有约束力的应当是作为要约、作为合同构成部分的中标的那一份投标文件。而投标文件是投标人所制作的，一般应该与最后签订的合同一致，如果不一致的部分，排除笔误，以及对实质性内容的修改，应当以合同为准。而上述对实质性内容的冲突，应当以投标文件为准。
如果指的是备案施工合同与未备案施工合同的冲突，要根据合同签订时间，以及是否需要走招投标程序分别确定。相对复杂，有需要可以来电咨询。
福建泾渭明律师事务所
陈少凡律师
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