A、S型肺炎双球菌的DNA是转化因子，能使R型肺炎双球菌转化为S型肺炎双球菌，A正确；B、R型肺炎双球菌的DNA不能将R型肺炎双球菌转化为S型肺炎双球菌，B错误；C、S型肺炎双球菌的荚膜不是转化因子，不能将R型肺炎双球菌转化为S型肺炎双球菌，C错误；D、S型肺炎双球菌的蛋白质不是转化因子，不能将R型肺炎双球菌转化为S型肺炎双球菌，D错误．故选：A．
