A、原子能构成分子，也能构成物质，例如铁是由铁原子构成的，故A错误；B、原子在化学变化中不能再分，只能重新组合，故B正确；C、由分子构成的物质，分子是保持物质性质的最小粒子，故C错误；D、原子中不一定都含有质子、中子、电子三种粒子，例如氢原子中就不含有中子，故D错误．故选：B．
