闯红灯发生事故保险公司要赔偿，因为违章不属于保险公司的免责条款。
闯红灯撞人，交通部门认定责任，保险公司赔偿后，不足部分，按责任赔偿。《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条 有下列情形之一的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿：
（一）驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的；
（二）被保险机动车被盗抢期间肇事的；
（三）被保险人故意制造道路交通事故的。
有前款所列情形之一，发生道路交通事故的，造成受害人的财产损失，保险公司不承担赔偿责任。为了自己和他人的安全，一定要遵守交通规则。闯红灯发生事故保险公司要赔偿，但是驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的，或被保险机动车被盗抢期间肇事的，保险公司不赔偿。
被保险机动车发生交通事故，致使受害人停业、停驶、停电、停水、停气、停产、通讯或者网络中断、数据丢失、电压变化等造成的损失以及受害人财产因市场价格变动造成的贬值、修理后因价值降低造成的损失等其他各种间接损失。
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