你的问题讲的非常清楚。
对于工伤等级鉴定，一定要在工伤治疗结束后进行的，不一定就是三个月；工伤等级鉴定的国家标准：《劳动能力鉴定职工工伤与职业病致残等级》(GB/T16180-2006)，是依据工伤者经过治疗后，对于其受伤部位以及影响部位的功能、残缺、治疗后伤病对于药物的依赖程度决定等级的。
而对于在哪里进行鉴定的就要依据认定工伤事故的社保局相关部门指定的，自己指定医院是无效的，只要你父亲出院后，伤势相对稳定了，就可以找认定工伤事故的社保局相关部门申请鉴定。至于了辽宁、内蒙古的问题，并不是你可以左右的，两地社保部门会依据你父亲伤情以及功能、行动决定鉴定地点的（也就是你父亲今后恢复康健的地点）。
依据你的描述伤情，不可能恢复的与常人一样，而且对于这么严重的伤情，一定能够评到工伤等级、得到相应赔偿的。
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