A、在探究“酵母菌呼吸方式”时，利用了有氧和无氧的两组实验装置进行对比实验，并且通过澄清的石灰水和酸性条件的重铬酸钾对产物进行检测，A正确；
B、观察DNA和RNA在细胞中的分布实验中，实验现象为细胞核呈绿色，细胞质呈红色，而细菌属于原核生物，原核生物没有细胞核，B错误；
C、细胞膜的基本骨架为磷脂双分子层，该结构上属于亚显微结构，只能在电子显微镜下才能观察到，C错误；
D、在探究“温度对酶活性的影响实验”中，首先应将淀粉溶液和酶液分别保温，然后再将酶加入对应温度下的淀粉溶液中，D错误．
故选：A．
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