我想weka应该很适合你吧^^
用来跑一跑自己的算法或者直接用它的api做二次开发都是很方便的，比如你提到的~只是原始算法和自己算法的对比一下是不难实现的，在自己的代码里分别初始化两个算法对象模型，一起training一起testing，最后把得出的结果放一起就行了。至于图形界面怎么组织就按自己的需要做就好啦。
如果不想写代码的话就用weka自己的图形界面weka explorer或者work flow跑几遍也行，因为weka自己的图形化表示已经很多样很直观啦^^
推荐一本书的话就是这个啦：
Data Mining: Practical Machine Learning Tools and Techniques (Second Edition) 作者是Ian Witten
就是weka的配套教材啦，例子很丰富，由浅入深的，很好上手的。
有进一步的问题就去weka list里找答案吧，很棒的讨论组，起码对我帮助很大（连接在参考资料里）。
希望对你有帮助^^
这个问题提的也太不专业了
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