自宋初开始,众多儒家学者致力于儒学经典的重新诠释:他们在排拒佛、道的同时,融合佛、道思想,将儒家的伦理、政治学说提升到哲学思辨的高度:就宇宙本原问题展开广泛而深入的探讨,创成一个以“理”为核心的更加精致完备的新儒学体系——理学。
秦焚书坑儒之后,除易经外,儒书基本绝迹,靠儒生的记忆背诵才流传下来。汉朝时,五经通过年迈的儒者得到复原,以汉隶书写,称今文经学。但后来在孔子故居发现隐藏了一部分儒经,以孔子时代的蝌蚪文记载,刘歆做了很大整理,称古文经学。两者在流传文本和经典解读方法上均有差异,但其后经学家郑玄基本统一了今古文,今古之争渐息,儒经在文本上的争议被平息,至宋朝,朱熹对《大学》文本作了修正,但被其后明朝的王阳明所反对,并推崇古本《大学》,于是又开始流传古本。明太祖朱元璋曾欲对《孟子》进行删节,但因遭到臣属以死要挟的强烈反对而放弃。直至清末,时局动荡,人心思变,疑古之风日盛,今古文之争又起。康有为认为东汉以来经学,多出刘歆伪造,是新莽一朝之学,非孔子之经。但又被其后的学者所驳斥。今天所看到的儒经,大多源自汉儒的流传,而解读上,则承袭了宋明儒的思想。
存天理.灭人欲