A、不同的土壤层面为不同的生物提供了栖息地，所以土壤中的群落也存在垂直分布，A错误；B、土壤中动物的种间关系，除了互利共生之外，还有捕食、寄生、竞争，这些无主次之分，B错误；C、土壤盐碱度会影响土壤中生物的分布，进而影响土壤动物的群落结构，C正确；D、土壤表层只有一部分小动物分布，应该选择取样器取样法调查小动物的丰富度，D错误．故选：C．
