A、减数第一次分裂前期同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换，可以实现基因重组，引起DNA碱基序列的改变，染色体结构变异中的易位、颠倒等类型也可引起DNA碱基序列的改变，A正确；
B、杂合子Aa只有一对等位基因，基因重组至少要有两对等位基因，Aa自交后代出现性状分离，但不会有基因重组，B错误；
C、基因的自由组合必须是非同源染色体上的非等位基因，同源染色体上的非等位基因不能自由组合，C错误；
D、三倍体西瓜不能形成正常的配子，是因为减数分裂过程中联会紊乱，D错误．
故选：A．
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