南京水利科学研究院和江苏省水利科学研究院是两个独立的机构，虽然都是从事水利科学研究的机构，但实际上是归属于不同的行政区划和管理机构。
南京水利科学研究院是隶属于水利部的国家级综合性水利科研机构，成立于1953年，总部设在南京市区，是国内水利领域内具有较高知名度的科研机构之一。
而江苏省水利科学研究院则隶属于江苏省自然资源厅，是江苏省水利科技创新主体之一，承担江苏省内水利科研、技术推广等任务，总部设在南京市鼓楼区。
因此，南京水利科学研究院和江苏省水利科学研究院虽然名称类似，但实际上是两个不同的机构，其性质和管理体制也有所差异。
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