各地的政策肯定不一样的，你说的扣除1000元，包括起付线（起付线以内是不报的）和当地合作医疗诊疗目录外的项目和用药，是不给报销的，所说的“余下的”是扣除起付线后符合报销范围的医疗费用，“65%”是报销比例。按你说的，应该还能报（1200-1000）乘65%。
是的包含新农村合作医疗在内的医疗保险都属于市级统筹，各市制定的政策必然并不统一，报销比例等自然是有差异的。
