目前在节能温室的施肥操作上，普遍存在着以下错误的做法：
一是化肥的施用量过多，有机肥的施用量偏少。这种现象极为普遍，多数菜农仍在沿用露天的管理技术管理温室蔬菜。他们没能认识到，温室内栽培辣（甜）椒，生态环境发生了变化，制约产量高低的主要因素，已由肥料的科学施用，转化为温室温度是否合理，室内空气中二氧化碳含量是否充足。化肥对于这二者是不起作用的，而有机肥料不但能为辣（甜）椒提供各种肥料元素，更重要的是它能源源不断地释放二氧化碳，提高土壤温度。所以在温室内栽培蔬菜，必须以施用有机肥料为主。
二是盲目地增大施肥量，尤其是氮肥施用量过多。甚至有的技术人员在制订技术方案时，竟强调每亩温室施用10～15米3鸡粪+100千克磷酸二铵+100千克尿素+100千克饼肥。部分菜农施肥时，还超过了这个施用量。
这是个什么样的施用量？第一，鲜鸡粪的含氮量为1.63%，干鸡粪的含量要更高，10米3鸡粪中，共含有纯氮（N）160千克左右，再加上磷酸二铵、尿素的含氮量，其施用纯氮量超过200千克，坐果以后还要不断地追施速效氮肥，纯氮施用量达到220千克左右，折合碳酸氢铵1300千克，等于亩施碳酸氢铵26袋。第二，辣（甜）椒地特别是老菜地，因其常年施肥量大，次数多，土壤的含氮量普遍较高，化验测知，其全氮（N）量一般为0.1%左右，碱解氮（N）含量为150毫克/千克～200毫克/千克。25厘米深的耕作层中，含有全氮量167千克/亩，速效氮达到33千克/亩左右，是辣（甜）椒实际吸收氮素肥料量的十几倍。
这样大的施肥量，不仅大幅度地提高了生产成本，造成了大量的浪费；更为严重的是：一是它会挥发大量氨气，造成氨害烧叶，引起叶片干边出现褐斑，甚至造成叶片干枯。二是它极大地提高了土壤溶液浓度，碱化了土壤，辣（甜）椒定植后，轻者迟迟不发根，表现为叶片小、叶色浓深，生育迟缓，生长发育不整齐，缺苗断条；严重时，会引起烧根、烧叶，甚至于大量死苗现象的发生。
此外土壤含氮过高，不但还会污染土壤、辣（甜）椒产品，引起辣（甜）椒旺长、推迟结果，还会发生拮抗作用，影响辣（甜）椒对钾肥、钙肥、镁肥等肥料元素的吸收，诱发各种生理性病害。
三是追肥操作时，不开启通风口，或是不能严格执行撒肥、掘翻、浇水、覆膜同步进行的技术规程，往往是先把整个或大部分的肥料撒上，再去掘翻、浇水、覆膜。这样做的后果必然造成温室内氨气浓度过高，危害植株，轻者叶片边缘及叶尖干枯，中等受害者部分叶片干枯，严重者可使植株萎蔫死亡；同时还会造成室内湿度过大，引起病害的发生与蔓延。
四是虽然基肥注意了施用有机肥料，但是追肥仍习惯以速效化肥为主。化肥只能提供几种有限的肥料元素，不能解决二氧化碳供应问题，一旦室内二氧化碳缺乏，光合效率下降，那么速效化肥追施再多，也是毫无意义的。反而，速效化肥追施偏多，特别是氮素化肥施用量偏多，会增大辣（甜）椒产品中硝酸盐、亚硝酸盐的含量，使产品成为对人有害的致癌食品，而不可食用。
温室辣（甜）椒栽培，只有坚持以有机肥料为主，并且经常追施有机肥料，才能为辣（甜）椒提供最全面的肥料供应，不断满足辣（甜）椒光合作用对二氧化碳的需求，避免辣（甜）椒缺素症等生理性病害的发生，避免土壤盐渍化，是既经济，又能增产、增收的最佳途径。
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