公司合并、分立和重组都少不了对公司进行清算，公司注销清算所得税怎么处理？企业不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产等经济行为时，对清算所得清算所得税、股息分配等事项的处理。公司注销清算所得税的处理包括两个方面，企业层面，是从事实体生产经营的公司（清算的公司）应进行企业所得税的清算；股东层面，是企业投资者的投资行为而取得的所得进行企业（个人）所得税清算。
哪些企业需进行企业所得税清算
1、按公司法、企业破产法等规定，需要进行清算的企业（即公司除特殊原因合并或分立而解散外，其余原因引起的解散，均须经过清算程序）；
2、企业重组中需要按清算处理的企业（视同清算）
不符合《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定的适用特殊税务处理原则的重组业务，如企业由法人转变为个人独资企业、合伙企业、个体工商户等非法人组织、或将登记注册地转移至中华人民共和国境外（包括港澳台地区）；不适用特殊性税务处理的企业合并、分立等，改组企业不需要履行上述清算程序，但需要视同清算进行所得税处理。
公司开始清算的日期确定
1、企业章程规定的经营期限届满之日；
2、企业股东会、股东大会或类似机构决议解散之日；
3、企业依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销之日；
4、企业被人民法院依法予以解散或宣告破产之日。
清算期确定、清算备案和时间要求
根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）文件规定，企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。因此，企业清算期所在的年度内，有两个所得税纳税年度，第一个纳税年度为1月1日到终止生产经营之日，第二个纳税年度为终止生产经营之日到注销税务登记之日。
1、第一个纳税年度
企业在年度中间终止生产经营，按照公司法、企业破产法等规定需要进行清算的，依据企业所得税法第五十五条规定，应将终止生产经营当年度1月1日至实际经营终止之日作为一个纳税年度，于实际经营终止之日起60日内完成当年度企业所得税汇算清缴，结清当年度应缴（应退）企业所得税税款。
2、第二个纳税年度
进入清算期的企业应对清算事项，报主管税务机关备案。企业应当自终止生产经营活动开始清算之日起15日内向主管税务机关提交《企业清算所得税事项备案表》并附送以下备案资料：
（1）纳税人终止正常生产经营活动并开始清算的证明文件或材料。
（2）管理人或清算组联络人员名单及联系方式。
（3）清算方案或计划书。
（4）欠税报告表。
3、企业在清算期内取得来源于我国境外的所得，仍须依据《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税〔2009〕125号）的相关规定，按照分国（地区）不分项原则，采取“抵免法”，计算按照我国税法计算的在我国境内应补缴的企业所得税税额。
4、企业应当自清算结束之日起15日内，向主管税务机关报送《中华人民共和国企业清算所得税申报表》及其附表和下列资料，完成清算所得税申报，结清税款。
（1）清算报告或清算方案或破产财产变价方案的执行情况说明；
（2）清算期间资产负债表、利润表（依据相关法律法规要求须经中介机构审计的，还应同时附送具有法定资质的中介机构的审计报告）；
（3）资产盘点表；
（4）清算所得计算过程的说明；
（5）具备下列情形的，还需报送资产评估的说明和相关证明材料。
①资产处置交易双方存在关联关系的；
②采取可变现价值确认资产处置所得或损失的。
（6）企业清算结束如有尚未处置的财产，同时报送尚未处置的财产清单、清算组指定保管人的授权委托书、组织机构代码证或身份证复印件。
（7）股东分配剩余财产明细表。
（8）非营利组织还应同时附着清算结束后其剩余财产的处置情况说明。
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