社会保险费申报表保存时出现工资总额小于缴费基数是怎么回事

很正常。就是员工的上年度平均工资低于当地的最低缴费基数。
给你一些基数申报的资料，供你参考：
1、单位缴费基数的核定。参保单位以本单位全部参保职工2010年个人缴费基数之和作为单位2010年的缴费基数。参保职工个人缴费基数之和发生增减变化时，单位缴费基数同时相应调整。
2、职工个人缴费基数的核定。
⑴参保职工以本人2009年度月平均工资（上年度工资总额/12个月）作为2010年度月社会保险缴费基数。参保职工2009年度发放工资的月数不足12个月的，按实际发放月数平均计算2010年度的缴费基数。
⑵2010年度参保单位新招用职工，用起薪当月的工资总额核定当年度的个人月缴费基数。
⑶因特殊情况2009年度工资总额无法确定的，以2009年全市在岗职工月平均工资作为缴费基数。
参保单位为其职工申报的缴费基数，其数值元以下部分四舍五入到元。

工资低于当年缴费基数最低限额的时候会自动提高该最低限额，所以会有工资总额小于缴费基数的情况出现

工资低于当年缴费基数最低限额的时候会自动提高该最低限额，所以会有工资总额小于缴费基数的情况出现。例如：某职工月工资1000元，当年缴费基数最低限额为1640元，就会按1640元缴纳相应保险费。

是不是EXCEL中，四舍五入的原因。