手术治疗分为三类：保守性手术（保留生育功能的手术）、半保守性手术（保留卵巢功能的手术）、根治性手术。
保守性手术（保留生育功能的手术） 子宫内膜异位症好发于生育年龄的妇女，对要求生育的年轻患者，在男方生育功能正常的情况下，尤其患者经过药物治疗无效者，可选用保守性手术，在情况允许的情况下，尽量保留卵巢（或部分卵巢）、输卵管及子宫，尽量切除肉眼可见的盆腔病灶，分离粘连，恢复盆腔器官的正常解剖，同时手术时处理好盆腔创面，防止术后粘连，以达到保存生育功能和促进受孕的目的。
子宫内膜异位症手术治疗容易复发，最佳治疗方案为妊娠，怀孕后子宫内膜异位症会逐渐痊愈。
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