要看公司与你当时的薪资结构约定。劳动合同中约定的月工资为1369元,一般理解为税前工资,每个月你还要扣除个人社保部分,或者还有其它餐费或住宿费等扣除款项,最后才是1000元,这也是合理的。
可以要求公司按合同约定支付工资,不行的话可以申请劳动仲裁。并可以按劳动合同法第八十五条要求支付赔偿金。
建议你用一小时看一下《劳动合同法》和《劳动合同法实施条例》,你才能知道用人单位到底在那些方面侵犯了你的权益,也才能更全面地维护你的合法权益,会使你一生受益。
如果用人单位侵犯了你的合法权益,注意收集证据。如果将来仲裁或诉讼,这很重要。