一般不会。网站的收入汇入他公司账户，只能证明公司收入的一部分来源于网站，并不证明他与你有全面合伙关系，你不必为他所有的债务承担连带责任。
在法律上，该网站就是它公司的啊。
合伙应当承担连带责任
要看公司性质是什么，一般不要承担连带责任。
有连带责任
第一，网站是挂靠在你朋友公司名义之下，也就是说名义上网站是公司的资产，根据商法外观主义原则，网站的收入名义上也属于公司，所以，网站的收入自然应用于偿还公司债权人的债权。
第二，如果你朋友的公司不是有限或股份公司，而是合伙企业，则你自然要在网站收入之外，还要承担连带责任。
第三，如果你在办网站之时，和你朋友还有内部协议，则你无论是承担上述第一条有限责任、还是第二条的连带责任之后，可以根据协议要求你的朋友偿还你。
如果没有约定，应该承担一部分责任
公司债务是民法中债务概念与公司的简单组合，是指公司与特定人之间的债权债务关系，包括公司贷款、应付账款、未付款的采购件等等。
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