这种情况，甲方结算应当按照发票上的价税合计，也就是只能按照3%给你结算税金。附加税费等属于价内税，也就是包含在甲方给你支付的不含增值税的金额中，如果你向甲方要求支付这部分税金，理论上甲方要给你支付两次税金，所以甲方只能而且必须按照发票上的3%给你支付增值税。因为采取简易征收按照3%征收增值税，就是为了让你降低税收成本，采取一般计税按照11%税率才可以抵扣进项税额的。如果你认为不符合合同，你必须不选择采用简易计税方法，那样你就可以给对方开具11%税率的发票，对方就可以给你支付11%税率的增值税。但是，支付给你的不含增值税的金额中，仍然包括你要缴纳的附加税费。
所以，甲方没有问题，而是你存在问题。如果甲方以你没有开具11%税率发票、造成其不能抵扣11%的增值税为理由说你违反合同拒绝给你付款，你还真的得认真思考思考。
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