这个我遇到过，解决了的。
查找（特殊字符里面的）“尾注内容”，为（特殊字符）“[查找内容]”，自己添加中括号
全部替换即可添加中括号。
此时所以的尾注均为上标（不知道你的为什么是下标），要想不上标（或下标），则要：
CTRL+F，查找栏不填内容，而是，格式——高级——字体——上标（或你的下标）——查找全部
查找到的内容（全部为上标，或你的下标），then，格式——字体——上标（或下标）的勾去掉。
ps: 正文的尾注和最后的尾注做好分别选择，进行查找变换上下标，也就是分两次进行。
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