A、核DNA的复制发生在减数第一次分裂间期，而图甲细胞处在减数第二次分裂中期，所以此时不进行核DNA的复制，A正确；
B、由图甲中的Ⅰ和图乙中的Ⅱ，可以看出分裂过程中四分体中的非姐妹染色单体发生了交换，B正确；
C、由于在分裂过程中四分体中的非姐妹染色单体发生了交换，所以染色体上的两条姐妹染色单体之间可能存在等位基因．因此，图甲所示细胞若继续分裂，则着丝点分裂，可能会发生等位基因的分离，C正确；
D、从图甲和图乙中染色体的颜色和形状可知，若两图来源于同一个精原细胞，则图乙是另一个次级精母细胞分裂形成的，D错误．
故选：D．
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