我在深圳已拿到摇号指标上牌可在4s店代上牌吗

可以，拿到指标号后和原车辆上牌流程一致。
一、提交资料
《机动车注册、转移、注销登记/转入申请表》；
机动车所有人身份证明原件及复印件：个人为居民身份证或临时居民身份证，暂住人员同时提交公安机关核发的居住或暂住证明。单位为组织机构代码证书，并提交单位加盖公章的委托书和被委托人的身份证明。
机动车来历证明原件或者复印件。其中全国统一的机动车销售发票、《协助执行通知书》和国家机关、企业、事业单位或者社会团体出具的调拨证明应当是原件；
车辆购置税的完税证明或者免税凭证副联原件；
机动车交通事故责任强制保险凭证第三联原件（原件遗失的交其他任一联复印件并加盖保险公司印章）。
属于国产机动车的提交机动车合格证原件；
属于进口机动车的提交进口凭证原件；
属于警车的提交《警车号牌审批表》；
属于救护车、消防车、工程救险车应提供车辆使用性质证明原件；
属于委托代理业务的应提交委托人签字或盖章的书面委托书原件及代理人的身份证明原件及复印件；
属于行政事业单位的小客车应提供市财政局相关证明；
属于非国家免检车型还应提供安全技术检验合格证明；
《机动车查验记录表》及车辆识别代号（车架号）拓印膜；
二、办理流程
查验检测
网上预约登记；
车行或服务站预录入相关资料；
车管所大门进口驶入新车查验区排队等候，没有车架号的要拓印车架号；
查验岗查验车辆(*持合格证、申请表)；
检测线入口进行登记，拍摄车辆标准照片；
到办证大厅一楼；
办证
车管所办证大厅一楼服务台取号排队；
办证大厅等候区等待叫号；
业务受理窗口登记；
自助选号窗口选号（十选一或大厅自助选号）；
一楼大厅缴费区缴费（POS机缴费）；
一楼大厅窗口领取号牌；
号牌安装处安装号牌、领取机动车登记证书、行驶证。