这个问题不能简单的回答，不同的森林生态系统和不同的湿地生态系统的自我调节能力不一样，有可能是森林生态系统的自我调节能力更强，也可能是湿地生态系统的自我调节能力更强。
从整体上来看，森林生态系统的生物多样性更高一些，抗干扰能力更强一些，其自我调节能力应该更强。但是有的森林生态系统结构简化（人工林）、生境条件较差（如干旱区的残留森林斑块）、林龄较低，那么它的自我调节能力也是很差的。
湿地生态系统一般来讲自我调节能力也较强，但是水资源的变化、气候变化或者人工排水对湿地的影响非常大，退化后的湿地生态系统其自我调节能力是较差的。
整体上看，森林生态系统的自我调节能力更强一点吧。
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