纳税人可以通过远程办税端、电子或者纸质报表等方式向扣缴义务人或者主管税务机关报送个人专项附加扣除信息。纳税人既可以选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除，也可以选择年度终了后向税务机关办理汇算清缴申报时享受专项附加扣除。也就是说个税专项扣除，可以由本人自行申报，也可以选择由企业进行申报。
法律依据：
《国务院关于印发个人所得税专项扣除暂行办法的通知》第二十五条：纳税人首次享受专项附加扣除，应当将专项附加扣除相关信息提交扣缴义务人或者税务机关，扣缴义务人应当及时将相关信息报送税务机关，纳税人对所提交信息的真实性、准确性、完整性负责。专项附加扣除信息发生变化的，纳税人应当及时向扣缴义务人或者税务机关提供相关信息。
前款所称专项附加扣除相关信息，包括纳税人本人、配偶、子女、被赡养人等个人身份信息，以及国务院税务主管部门规定的其他与专项附加扣除相关的信息。
本办法规定纳税人需要留存备查的相关资料应当留存五年。
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