第一套房商业贷款还清，二套房用公积金贷款还清，还可以用公积金贷款买第三套吗？

可以的，不管首套是公积金贷款还是商业贷款，未结清的情况下都是可以再次申请商贷买二套房的，但不能再次申请住房公积金贷款。
2015年3月30日，人行、银监会、住房城乡建设部发布的《关于个人住房贷款政策有关问题的通知》提到，对拥有1套住房且相应购房贷款未结清的居民家庭，为改善居住条件再次申请商业性个人住房贷款购买普通自住房，最低首付款比例调整为不低于40%，具体首付款比例和利率水平由银行业金融机构根据借款人的信用状况和还款能力等合理确定。
二套房贷的首付比例由原来的最低六成下调至最低四成，改善性需求的购房门槛大为降低。
与此同时，公积金房贷的门槛也进一步调低。缴存职工家庭使用住房公积金委托贷款购买首套普通自住房，最低首付款比例为20%;对拥有1套住房并已结清相应购房贷款的缴存职工家庭，为改善居住条件再次申请住房公积金委托贷款购买普通自住房，最低首付款比例为30%。

对购买第三套及以上住房的职工不能办理公积金贷款。若是第三套及以上，银行将会停止对购房者发放公积金个人住房贷款。也就是说想用公积金贷款购买第三套房子是不可能的。
申请公积金贷款时应具备以下基本条件：
具有完全民事行为能力；
公积金缴存证明（或住房公积金卡）；
申请人及配偶身份证、户口本和婚姻状况证明；
所在单位正常缴存住房公积金一年（含）以上的在职职工，其本人须正常缴存六个月（含）以上，且住房公积金月缴存额达到管委会公布的最低月缴存额；
职工在购买、建造、翻建、大修自住住房行为发生之日起五年（含）内，可以申请购房贷款；
职工首次及二次申请贷款的，需支付购房款20%（含）以上的首付款；
具有稳定的经济收入，个人信用良好，具备偿还贷款本息的能力。