A、孟德尔发现了遗传因子并证实了其传递规律，但没有证实其化学本质，A错误；
B、萨顿运用类比推理法提出基因在染色体上的假说，摩尔根运用假说演绎法证明基因在染色体上，B错误；
C、色盲是伴X隐性遗传病，女性患色盲，则母亲至少携带，母亲的色盲基因来自于外祖父或外祖母，所以外祖母不一定携带色盲基因，C正确；
D、基因不仅存在于细胞核中，也存在于叶绿体、线粒体等细胞器中，说明了基因不都在染色体上，不能证明基因与染色体行为存在着明显的平行关系，D错误．
故选：C．
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