黑暗组织BOSS一直未曾露面，因此读者观众对其公开身份的猜测从未停止，而外表看来和善可亲的阿笠博士曾成为热门候选人之一。 在中国读者观众的猜测理由中，最有说服力的莫过于：据说“阿笠”这两字，如果拆解成阿竹立用日文反过来可拼写为拉丁文里面的莫里亚蒂，因此阿笠博士也可称作莫里亚帝教授——柯南·道尔笔下福尔摩斯侦探势均力敌的对手，被称为“罪犯中的天才”的伦敦邪恶势力领袖，影射阿笠博士的身份为黑暗组织BOSS。 但此理由因《名侦探柯南》作者青山刚昌先生为日本人而无法成立。“阿笠”二字即使拆分，也应由日文拆分，而日文中的“阿笠”二字并不是如此写法。很明显这只是中国读者观众的单方面猜想。 关于阿笠博士是否为黑暗组织BOSS的讨论终止于2010年5月4日 2010年5月4日，《名侦探柯南》的广大读者观众迎来主角工藤新一的又一个生日，当日小学馆再次接受记者采访，青山刚昌先生坦然透露了部分结局。 下面摘录采访的部分内容： 记者：比如新一和小兰，还有幕后老大的情况？ 青山先生：哈哈，按道理这是机密哦。（话锋一转） 工藤新一和毛利兰的结局非常圆满。黑衣组织的幕后黑手其实已在《名侦探柯南》播放至今的所有人物中出现过。不过我听说很多FANS猜是阿笠博士，哈哈，不对哦~在《名侦探柯南》结局的创作上，我也曾经思考多次，最后还是去除一些角色，因为这部动画的受众不单单是小学生了，所以最终伤亡惨烈的结局，我想是能够让大家接受的。 从这次采访中青山先生所透露的结局来看，黑暗组织BOSS另有他人，阿笠博士无缘其位。
这个现在没人知道的，网上说的要么是推测的，要么就是同人小说。 不过我认为阿笠博士的可能不高。剧场版10里博士在炸弹爆炸之前一定要跟孩子们在一起，这点说明他是组织boss可能性很低，但是不排除。 另外，阿笠博士在TV311集中新一彻夜未归内心发出担忧，如果不是真心动画也无需刻画。并且在M13中，爱尔兰之所以不把柯南杀掉，是因为要让Boss亲眼看到，工藤新一就是柯南，以此扳倒Gin，所以那位boss应该是怀疑柯南但却不肯定柯南就是工藤新一，所以说知道柯南身份的阿笠博士是Boss就有点牵强（但也不排除阿笠博士是假装），并且，柯南凡是有什么组织的事都会完全告诉阿笠博士，以及在345TV版的最后时刻可以看出柯南是很信任博士的，我想如果阿笠博士是Boss，柯南是不太可能没有什么察觉的，但是不排除这一切只是73大叔为后面埋下的伏笔，以衬托这场黑白的无间道，不过这应该不太可能 例外柯南与黑暗组织的关系也非同寻常。灰原哀的那句话，“你（新一）早在半个世纪前就在组织的计划中了”也让人颇费思量
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