在中医学方面,秦汉魏晋南北朝之间出现了张仲景、华佗、王叔和等一批中医名家,他们把中医医药学推进到一个崭新的发展阶段。据《汉书·艺文志》记载,汉成帝河平三年(前26年)整理国家所藏医书时,就已有“医经七家,二百一十六卷”,“经方十一家,二百七十四卷”。在此基础上,西汉中医学又产生了一批重要的中医典籍,成书于汉代的《神农本草经》,是我国现存最早的药物专著,它概括了战国、秦汉以来药物知识和药物学基本理论,收载植物药252种、动物药67种、矿物药46种,共365种。它对各种药物的主治、产地等都有详细记载,并根据其性能和使用目的分为上、中、下三等。它提出了医方中主药与辅助药之间的“君、臣、佐、使”配伍原则,以及药物的“四气五味”学说,这些理论反映当时的药物学已经达到一定的水平。
东汉大医学家张仲景的《伤寒杂病论》,则创造性地继承了《黄帝内经》的学术思想,是一部基础理论与实际治疗密切结合的临床医著。《伤寒杂病论》原著已佚,今本是由晋代王叔和整理成的《伤寒论》和《金匮要略》两部分,前者10卷,计397条,载方113首,专论伤寒一类急性传染病;后者6卷,25篇,载方262首,以论述内科、外科、妇科等杂病为主要内容。《伤寒杂病论》从辨证到立法,从立法到拟方,从拟方到用药,环环紧扣,形成了一整套辨证论治的原则,为我国的中医治疗学奠定了基础。
魏晋南北朝时期,我国传统的医药学进入一个广泛总结整理的阶段。晋代名医王叔和除整理张仲景的《伤寒杂病论》外,还对历史上的脉学著作进行了系统的归纳,撰成我国现存最早的脉学专著《脉经》10卷,书中列举了24种脉象,对每一种脉象都作了简明扼要的概述,中医学中独特的针灸治疗技术,亦由晋代的皇甫谧总结为《针灸甲乙经》12卷,全书分118篇,记述单穴49个、双穴300个,共349个经穴,并具体指明了针刺深度、留针时间和艾灸时间,是我国现存最早的针灸学经典著作。另外,此期还出现了西晋葛洪的《肘后方》,南齐陶弘景的《神农本草经集注》,刘宋雷教的《炮炙论》等著名医著,前两者流传至今,后者仅有辑佚本传世。