不可以,应该写总公司的全称。
“我公司是由总公司汇总纳税的”——应该是你们公司的所得税在总公司汇总缴纳的吧?其他的,增值税及一些城建税等地方税种,应该仍然在当地税务部门交纳;如果是这样,客户给你们开发票是正常的,发票抬头名称为你们公司名称