内部质量管理是矿业权实地核查质量管理的核心。控制方法大致分为主动控制和被动控制。主动控制是事先分析矿业权实地核查中可能出现的问题，并制定各种预防措施，使控制目标按预期目标实现，是在事情发生前按预期目标主动控制措施的一种方法。被动控制是在矿业权实地核查过程中，管理人员对野外作业和室内数据整理过程进行跟踪，通过对记录与资料进行分析，找出存在的问题，及时制定问题解决方案。
质量控制应贯穿于矿业权实地核查每个阶段，包括准备工作、基础控制测量、实地测量、数据整理对比分析、问题分析与处理、单矿业权成果编制、成果综合与数据库建设、成果报告编制、成果验收等各个环节。在质量控制过程中，从计划、执行、检查、处理等入手，实施启动、计划、执行、控制和结束5个质量管理过程，以实现全过程质量控制和管理。
矿业权实地核查的重点是通过“实地”进行核查，相应地质量控制的重点应放在基础控制测量与实地测量这两个环节上。这两个环节的工作质量在很大程度上决定着最终的成果质量。一旦野外作业完成，进入室内整理阶段后再发现野外实测存在的问题，解决起来需要花费很大的成本，甚至有时根本难以弥补。因此，必须严格做好基础控制测量和实地测量两个环节的质量控制，及时发现问题、及时处理，决不能把问题带到室内整理阶段。
另一个质量控制的重点是单矿业权成果编制环节。单矿业权成果是矿业权实地核查的基本成果，后续的各级汇总工作均以单矿业权成果为基础。单矿业权成果的质量决定着各级汇总成果的质量。
内部质量控制实行“三检两审”制度。“三检”指自检、互检、抽检，核查小组要100%自检，核查小组之间要100%互检，核查承担单位抽检比例不低于30%。“两审”是指项目负责人负责成果的审核，核查承担单位总工程师负责成果的审查。在“三检两审”过程中，应做好相关质量控制记录，相关检查人、审核人签字认可。每个环节检查合格后方可转入下一环节，不合格的应予修改或返工。
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