在不违法的情况下一户两宅怎么确权？

如果农民的一户多宅是基于转让、赠予的，即使是一户多宅也是要允许土地确权的。这是农民的合法权益； 如果是农民非法占用村集体土地，擅自随意建造房屋，而形成一户多宅，对于非法占有的，要全部没收。
具体没收过程中有没有补助根据具体情况分析； 宅基地使用权应按照“一户一宅”要求，原则上确权登记到“户”； 符合当地分户建房条件未分户，但未经批准另行建房分开居住的，其新建房屋占用的宅基地符合相关规划，经本农民集体同意并公告 无异议的，可按规定补办有关用地手续后，依法予以确权登记； 未分开居住的，其实际使用的宅基地没有超过分户后建房用地合计面积标准的，依法按照实际使用面积予以确权登记。

第一、由宅基地的使用权人，也就是现在在使用宅基地的人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，这个是一家的一个宅基地只能填写一份，这就意味着，如果有两个以上宅基地的农民只能确权一处宅基地。
第二、村民使用的宅基地还要当地村委会或者镇政府出具土地来源的证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。
第三、当地的国土部门根据农民的申请，对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。村里最近常见的测量队，他们主要负责对农民的宅基地界定位置。
第四、测量过程中，还要组织这块地的相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。
第五、测量完毕，经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。并写明如谁对这块宅基地有异议的要在多久提出。
第六、经过公告，而且没有人提出异议的宅基地，在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。至此，农民才算是拿到了宅基地使用权证，这块宅基地才能算是农民所有的。