西湖大学的目标是:中国特色与世界一流。之前,施一公在接受媒体采访时表示,到2019年年底,西湖大学师资规模将超过拥有24位诺贝尔奖获得者的洛克菲勒大学,教师科研水平很可能成为中国之最;5年后,教师科研水平比肩东京大学、清华、北大等知名学府,成为亚洲一流;15年后,在各项指标上和加州理工大学媲美,成为世界范围内最好的大学之一。
在治理体系上,西湖大学借鉴国际经验,实行董事会领导下的校长负责制,设立监事会、顾问委员会、校务委员会、学术委员会和学位委员会等,形成教师治学、民主管理、社会参与的大学治理体系。目前,校董会成员已经进入实质性提名和遴选阶段,西湖大学的主要领导岗位已有多位具有世界一流水平和国际视野及影响力的候选人,将尽快推进遴选工作。在校长到任之前,由西湖大学筹办委员会主任、筹办工作组组长、浙江西湖高等研究院院长施一公统筹负责大学日常管理事务。
学校办学经费来源主要为举办者出资、办学收入、竞争性科研项目经费及人才政策支持经费和政府扶持资金等,日常运行经费主要由杭州市西湖教育基金会承担。同时,西湖大学将设立中国共产党西湖大学委员会,充分发挥党组织在学校办学治校中的政治核心作用。