1586年首次在正式文件中出现有关萨马拉的记载。在费多尔·伊凡诺维奇统治时期,根据他的命令在萨马拉河口岸边修筑萨马拉城堡,以抵御游牧民族的入侵,同时保障从喀山到阿斯特拉罕沿伏尔加河水路运输的安全。1688年萨马拉城堡改名为萨马拉市。
1708年在彼得大帝时代,萨马拉是喀山省第9大城市,1719年被划入阿斯特拉罕省。当时这里有210户人家。从1851年起,已是一个有1.5万人口的省城。当时萨马拉省小麦产量居全俄罗斯之首。在这个时期,萨马拉贸易兴隆,有375个商铺。一年中有三次大集市,秋天一次,夏季两次,每次持续10天。
到19世纪末,萨马拉有46个工厂,2500多工人,由于缺少必要的电力,工业发展受到了限制。第一个城市电站建于1900年,到1917年萨马拉已有90个工业企业,一个面包厂,一个可储存6万吨粮食的大粮库。由于该市地理位置十分便利,顿巴斯和乌拉尔逐渐成为萨马拉的钢铁供应地,这是建立大的机器制造企业和金属加工业的基础。20世纪初,该市开始积极发展建材工业。30年代,萨马拉逐渐成为俄罗斯石油开采和加工中心。
1935年,萨马拉改名为古比雪夫,在1941年—1945年伟大卫国战争期间,莫斯科、列宁格勒和其他城市的一些企业疏散到这里,加强了该市的工业潜力。从国家西部迁来几个机器制造和航空企业。1941年底政府主要部门和外交使团都迁到了古比雪夫,这座城市可称得上是苏联大后方的首都。
战后这里继续加强自己的经济潜力,石油工业、航天工业、精密机床制造业、水力发电、汽车制造业都得到了发展。1990年该市重新使用自己的历史名称—萨马拉。