明清以来，西学东渐。鸦片战争中国战败之后，面对西学的压力，清代儒家开明派提出“中学为体、西学为用”的改良主张。近代以来，中国的落后致使人们对中国文化作出反思，儒学内部龚自珍、魏源等，以汉学批宋学，主张改革。
之后，又有三次对儒家思想的较大冲击：第一次是太平天国运动中，草根阶层对儒学的冲击。第二次是戊戌变法时代，变法派思想家对儒学的冲击。第三次是民国成立之后的新文化运动，各类激进主义新思潮对儒学的冲击。
面对冲击，儒学也作出反应。康有为、陈焕章创立孔教会，欲将儒教国教化。而学衡派的学人对孔子和儒家思想在现代社会的地位做出了深刻的研判，产生了新儒家。
其原因是，儒学植根于中国固有的价值系统而又能随时自我调整，适应了时代和社会的变化。而且相当大程度上是由于它为东方最有价值的思想体系，以至于今天在某种意义上可说它是国学（传统文化）的代名词。儒家是“国学”的核心与主体。
先秦评儒
儒家信天命，墨家就非命。儒家子不语怪力乱神。墨家就主张鬼神。儒家主张礼乐，墨家就非乐，墨家反对儒家推崇的“亲疏尊卑之异”、“古服古言”、“滥施敌人以仁义”和“畏天命”，认为儒者大多缺少节制的过度严厉的责问别人，而不知道责问的理由属于不正当。批评孔子的礼乐教化和繁琐礼仪，“繁饰礼乐”、“久丧伪哀”、“厚葬久丧”、不敬鬼神，认为孔子心术不正，其弟子作乱邦国。不过，墨子曾“称于孔子”，认为孔子之教也有“亦当而不可易者” 。
早期法家代表人物商鞅认为孔子诗书礼乐教化与法家农战思想对立，法家重功利，认为儒学无用，“诗、书、礼、乐、善、修、仁、廉、辩、慧，国有十者，上无使守战。国以十者治，敌至必削，不至必贫。国去此十者，敌不敢至；虽至，必却；兴兵而伐，必取；按兵不伐，必富。”“国以善民治奸民者，必乱至削；国以奸民治善民者，必治至强。国用诗书礼乐孝悌善修治者，敌至必削国，不至必贫国。” 法家的集大成者韩非对孔子个人颇为尊重，但他认为孔子学说不合时宜。其伦点近似于清代赵翼之诗”李杜诗篇万古传，至今已觉不新鲜，江山代有才人出，各领风骚数百年“。按照孟子的话说孔子乃“时之圣人”。遵从，又要超越。
道家老子庄子杨朱以自然无为为宗旨，蔑视礼法，对于儒家的礼仪道德持否定态度。
释家毁儒
释氏撰经诋毁儒家，相传孔子号儒童菩萨，或曰：“吾夫子万代斯文之祖，而童之。童之者，幼之也。幼之者，小之也。彼且幼小吾师，何怪乎儒之辟佛也！又僧号比丘。丘，夫子讳也。比者，并也。僧，佛弟子，而与夫子并。彼且弟子吾师，何怪乎儒之辟佛也！”
“宝应声菩萨化为伏羲,吉祥菩萨化作女娲，儒童化作孔丘，迦叶化为李老。”
“三皇、五帝、孔、李、周、庄，皆是菩萨化身。”
新文化运动
批判儒家是中国落后的根源，歧视妇女。
新中国
儒家是一种封建专制，代表了新型地主利益的，孔子儒学是为封建专制服务的。封建专制的助手，与封建专制有了割不断的联系。
主要来说两个原因，第一自己作的。邵庸临死对程颐说，不要把自己的路越走越窄，到时候你自己都无立足之地。很可惜，儒家在后来的发展就是越来越教条，越来越呆板，到最后，很多被大众接受的东西都已经违背了儒家的本意，忘了本的学说，还有存在的可能性吗？
第二是因为时代的前进，儒家是保守的，守旧的，孔孟还好一点，到了程颐、朱熹等人手上就变成“天不变，道亦不变”，于是解释力越来越弱，一旦有新思想冲击，老迈破败的儒家学派如何能够撑得下来？
其实中国的王朝兴衰从来都是采用道家精神的时候，国力向上走；矛盾积累得多了，不好统治了，就采用儒家学说了，维持一段时间的虚假繁荣之后，儒家越来越僵化，政治越来越混乱，到最后王朝崩溃，几千年，都是同一个调调，再说的明白些就是儒家根本不懂治国之道，所以它的没落也就成为必然。
儒家走的是复古风，其道理适合用于大治之世，有利于统治的名正言顺和社会伦理的形成。
而在春秋战国时期这样的乱世，拼的是国家实力和拳头够不够大，春秋无义战，没法得到大范围采纳也是情理之中。之后秦国因采用了商鞅新政，重视法律军功而忽视身份世袭，最终横扫六国，一法家为尊，儒家自然不吃香。之后的汉朝法从秦制，而政治上起初倾向于道家，各种和异族将和，避免战事注重修养身心，韬光养晦。后来阴阳学派的儒士董仲舒在儒家学说中加入道家思想，使儒家有了神学思想，强调“天命”即“天人感应，君权神授”，使儒家终于能应用于帝王统治，进而深入社会。
之后长期以来久盛不衰，还深远地影响了周边国家，形成了东亚特殊的文化圈，唯独就是在49年新政府建立后，认为儒家过于形而上，是几千年中国封建历史的毒瘤。（实际上，是为了赤化全国，毕竟孔子作为圣人已经是几千年的事，要打破这一思维惯性（彻底改造思想改造中国），红色信仰的代表工农阶级的领导者就必须贬低儒家，以象征新时代的到来。“君子”以此原本指的是“君王的后代”即贵族阶级，孔子将其定义扩大为道德高尚之人，而其中像是“君子”“小人”的概念被领导者“误解”为对底层人民的蔑视，诸如此类还有很多，总之，孔老夫子被黑得哭晕在厕所，不过这也正常）
在漫长的封建社会里,儒学这种以纲常伦理为核心的文化体系,具有凝聚性、稳定性,对于外来文化,或是排斥、或是吸收消融.因此,虽有几种较大的文化输入但思想一直处于正统地位.然而,自从鸦片战争发生以后,随着社会性质发生根本变化,以及西学对儒学的冲击,儒家独尊的社会地位逐渐退出了历史舞台,新文化运动时被西方的资产阶级文化所取代.所以儒学衰落的根本原因是受到了社会经济、政治变动的冲击,直接原因受到了西学的冲击.
儒学真正的衰落是在晚清，其原因主要是它脱离现实、划地为牢 ，以及西潮的冲击。但从根本上说，儒学的衰落是近代历史发展的必然 ，是进步的体现。
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