A、一个种群只有一个物种，一个物种可以有多个种群，A错误；B、达尔文的进化理论认为个体是生物进化的单位，现代生物进化理论认为种群是生物进化的单位，B错误；C、现代生物进化理论认为种群是生物进化的单位，物种之间存在生殖隔离，C错误；D、自然状态下不同物种之间基因不能交流，是由于不同物种间存在生殖隔离，D正确．故选：D．
